[桂花树价格]桂花DVR基因的生物信息学分析
时间:2019/11/24 6:28:53 浏览量:
二乙烯基还原酶(DVR)将各种叶绿素中间体的8乙烯基转化为乙基,这是生物合成叶绿素的必需酶。
文通过生物信息学分析对桂花DVR基因的氨基酸序列和组成,疏水性/亲水性以及理化性质进行了分析和预测。果表明,DVR基因的长度为1260 bp,编码419个氨基酸,推测是一种非跨膜的亲水蛋白。于同源序列的遗传距离,同源基因桂花DVR和桂花(JX239753.1)之间的关系最接近,其次是从鹰嘴豆基因中去除最远的瓜。花(Cucumissativus L. var.Sativus),又称葫芦科,是葫芦科的一种瓜,产于喜马拉雅山南部山麓的热带雨林,葫芦科的一年生攀缘草本。]。花和雄性植物,雄花:在叶腋,细花序梗,黄白色花冠,长和披针形花冠裂片中恒花。花:单生或成簇,花梗粗,子房粗糙。实为长圆形或圆柱形,煮熟时呈黄绿色,表面粗糙,夏季开花[2]。花柔软新鲜,具有消除热量和排毒的作用。
花水含量为98%,其中包含少量的维生素C,胡萝卜素,蛋白质,钙,磷,铁,维生素(VA,VB1,VB2,VC,VE)和其他必需营养素[3]。于食用,生食或煮熟。代药理研究表明,桂花中的丙醇可抑制糖类向脂肪的转化,葫芦素C可以对抗癌症,桂花汁具有美容作用[4]。Divinyl还原酶[5]是一种膜结合蛋白,被掺入质体和叶绿体的膜中并催化卟啉核上C-8乙烯基还原为乙基,桂花树价格这是MV- Chl和植物。键酶必不可少。有广谱底物特异性的基因编码DVR蛋白可催化高等植物中各种DVR的基因活性,并且衍生自不同物种的DVR蛋白的催化活性极为重要,并且一样的。于不同的乙烯底物,DVR蛋白也可能具有明显不同的催化活性[6]。以看出,桂花还原酶的结构和功能的推断和预测具有一定的生物学意义。
此,本文将分析桂花还原酶的生物信息学。过实验获得了桂花DVR基因的序列,并从国家生物技术信息中心(NCBI)核酸和蛋白质数据库中提取了该序列。时,寻找具有与桂花DVR基因相似的同源序列的基因:桂花(登录号JX239753.1),瓜瓜(登录号XM_.1),野草莓Fragariavesca亚种。Vesca(访问号XM_.2),白色梨Pyrus xbretschneideri(访问号XM_.1),Pyrusx bretschneideri(访问号XM_.1),Pyrus x bretschneideri(访问号XM_.1), Pyrus xbretschneideri(登录号XM_.1),鹰嘴豆Bean Cicererietinum(注册号XM_.2)。[8];在线工具npsa-prabi(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)预测二级结构;由Protscale(http://Expasy.org/tools/protscale.html)预测蛋白质功能和疏水/亲水特性[9];使用CBS TMHMM Serverv.2.0网站(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)该在线工具执行氨基酸序列的跨膜分析[10]。据DNAMAN软件分析,桂花树价格DVR基因序列长1260 bp,以ATG和TGA为起始密码子和终止密码子,编码总共419个残基(图1),其质量为编码蛋白的分子量为45516 Da。据MEGA软件分析,进化树分为五个部分,分别是四个白梨,野草莓,哈密瓜,两个桂花和鹰嘴豆(图2)。花DVR与桂花(JX239753.1)的同源基因关系最接近,几乎相同,其次是甜瓜,桂花与甜瓜的同源距离约为0.029,为对应于与鹰嘴豆基因最远的关系。们之间的距离达到0.357。据Somma在线软件,该蛋白质包含419个氨基酸,其中最大比例由随机和随机螺旋组成,即146个alpha螺旋代表了总螺旋的34.84%,140个不规则环代表了33个螺旋,占总数的41%。 %。 Beta折痕的数量略低于随机环,但比Beta折痕要多得多(图3)。膜结构域通常富含疏水性氨基酸残基,充当锚定在细胞膜中的锚,并且跨膜结构域蛋白是跨膜蛋白。据TMHMM在线软件的预测,横坐标表示氨基酸残基的位置,纵坐标表示残基具有相应结构的可能性,结果表明乙烯还原酶蛋白未检测到该区域。 膜,可能不是跨膜蛋白。原酶蛋白很可能是覆盖蛋白(图4)。
通过Protscale软件分析的,图中大于零的氨基酸是疏水性氨基酸,而小于零的氨基酸是亲水性氨基酸。期在构成乙烯还原酶蛋白的氨基酸中有两个高度亲水的氨基酸(图5),分别为57和58,得分为-2,667,即构成乙烯还原酶蛋白的氨基酸。高疏水性氨基酸的206位点得分为2.978。
本实验中,预测桂花乙烯还原酶蛋白是一种非跨膜亲水蛋白,通过预测该蛋白的二级结构,桂花乙烯还原酶蛋白的二级结构主要由α组成。-螺旋和随机线圈;基于同源序列的遗传距离,同源桂花DVR基因与同源桂花基因(JX239753.1)之间的关系最接近,也最接近鹰嘴豆基因。多数绿色植物的光合作用与叶绿体的存在密不可分[11],乙烯还原酶是叶绿素生物合成的必需酶:在高等植物中已检测到五种DVR活性[12]。]。[13] [15]生物信息学方法使比较和分析桂花的已知DVR序列成为可能,从而推论和预测其桂花的结构和功能,从而可以在以前为我们提供尽可能多的信息。行实验研究,以选择合适的经验。方法为为该基因的其他功能研究提供线索提供了理论参考。
本文转载自
桂花树价格 http://m.guihua99.net/m/
文通过生物信息学分析对桂花DVR基因的氨基酸序列和组成,疏水性/亲水性以及理化性质进行了分析和预测。果表明,DVR基因的长度为1260 bp,编码419个氨基酸,推测是一种非跨膜的亲水蛋白。于同源序列的遗传距离,同源基因桂花DVR和桂花(JX239753.1)之间的关系最接近,其次是从鹰嘴豆基因中去除最远的瓜。花(Cucumissativus L. var.Sativus),又称葫芦科,是葫芦科的一种瓜,产于喜马拉雅山南部山麓的热带雨林,葫芦科的一年生攀缘草本。]。花和雄性植物,雄花:在叶腋,细花序梗,黄白色花冠,长和披针形花冠裂片中恒花。花:单生或成簇,花梗粗,子房粗糙。实为长圆形或圆柱形,煮熟时呈黄绿色,表面粗糙,夏季开花[2]。花柔软新鲜,具有消除热量和排毒的作用。
花水含量为98%,其中包含少量的维生素C,胡萝卜素,蛋白质,钙,磷,铁,维生素(VA,VB1,VB2,VC,VE)和其他必需营养素[3]。于食用,生食或煮熟。代药理研究表明,桂花中的丙醇可抑制糖类向脂肪的转化,葫芦素C可以对抗癌症,桂花汁具有美容作用[4]。Divinyl还原酶[5]是一种膜结合蛋白,被掺入质体和叶绿体的膜中并催化卟啉核上C-8乙烯基还原为乙基,桂花树价格这是MV- Chl和植物。键酶必不可少。有广谱底物特异性的基因编码DVR蛋白可催化高等植物中各种DVR的基因活性,并且衍生自不同物种的DVR蛋白的催化活性极为重要,并且一样的。于不同的乙烯底物,DVR蛋白也可能具有明显不同的催化活性[6]。以看出,桂花还原酶的结构和功能的推断和预测具有一定的生物学意义。
此,本文将分析桂花还原酶的生物信息学。过实验获得了桂花DVR基因的序列,并从国家生物技术信息中心(NCBI)核酸和蛋白质数据库中提取了该序列。时,寻找具有与桂花DVR基因相似的同源序列的基因:桂花(登录号JX239753.1),瓜瓜(登录号XM_.1),野草莓Fragariavesca亚种。Vesca(访问号XM_.2),白色梨Pyrus xbretschneideri(访问号XM_.1),Pyrusx bretschneideri(访问号XM_.1),Pyrus x bretschneideri(访问号XM_.1), Pyrus xbretschneideri(登录号XM_.1),鹰嘴豆Bean Cicererietinum(注册号XM_.2)。[8];在线工具npsa-prabi(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)预测二级结构;由Protscale(http://Expasy.org/tools/protscale.html)预测蛋白质功能和疏水/亲水特性[9];使用CBS TMHMM Serverv.2.0网站(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)该在线工具执行氨基酸序列的跨膜分析[10]。据DNAMAN软件分析,桂花树价格DVR基因序列长1260 bp,以ATG和TGA为起始密码子和终止密码子,编码总共419个残基(图1),其质量为编码蛋白的分子量为45516 Da。据MEGA软件分析,进化树分为五个部分,分别是四个白梨,野草莓,哈密瓜,两个桂花和鹰嘴豆(图2)。花DVR与桂花(JX239753.1)的同源基因关系最接近,几乎相同,其次是甜瓜,桂花与甜瓜的同源距离约为0.029,为对应于与鹰嘴豆基因最远的关系。们之间的距离达到0.357。据Somma在线软件,该蛋白质包含419个氨基酸,其中最大比例由随机和随机螺旋组成,即146个alpha螺旋代表了总螺旋的34.84%,140个不规则环代表了33个螺旋,占总数的41%。 %。 Beta折痕的数量略低于随机环,但比Beta折痕要多得多(图3)。膜结构域通常富含疏水性氨基酸残基,充当锚定在细胞膜中的锚,并且跨膜结构域蛋白是跨膜蛋白。据TMHMM在线软件的预测,横坐标表示氨基酸残基的位置,纵坐标表示残基具有相应结构的可能性,结果表明乙烯还原酶蛋白未检测到该区域。 膜,可能不是跨膜蛋白。原酶蛋白很可能是覆盖蛋白(图4)。
通过Protscale软件分析的,图中大于零的氨基酸是疏水性氨基酸,而小于零的氨基酸是亲水性氨基酸。期在构成乙烯还原酶蛋白的氨基酸中有两个高度亲水的氨基酸(图5),分别为57和58,得分为-2,667,即构成乙烯还原酶蛋白的氨基酸。高疏水性氨基酸的206位点得分为2.978。
本实验中,预测桂花乙烯还原酶蛋白是一种非跨膜亲水蛋白,通过预测该蛋白的二级结构,桂花乙烯还原酶蛋白的二级结构主要由α组成。-螺旋和随机线圈;基于同源序列的遗传距离,同源桂花DVR基因与同源桂花基因(JX239753.1)之间的关系最接近,也最接近鹰嘴豆基因。多数绿色植物的光合作用与叶绿体的存在密不可分[11],乙烯还原酶是叶绿素生物合成的必需酶:在高等植物中已检测到五种DVR活性[12]。]。[13] [15]生物信息学方法使比较和分析桂花的已知DVR序列成为可能,从而推论和预测其桂花的结构和功能,从而可以在以前为我们提供尽可能多的信息。行实验研究,以选择合适的经验。方法为为该基因的其他功能研究提供线索提供了理论参考。
本文转载自
桂花树价格 http://m.guihua99.net/m/